Skip to content

EpiGraphDB metadata and metrics

Meta node

Meta node count
Disease 21,829
Drug 2,455
Efo 25,390
Event 11,868
Gene 59,171
Gwas 31,773
Literature 29,137,785
Pathway 2,180
Protein 21,543
SemmedTerm 103,967
SemmedTriple 3,428,531
Tissue 53
Variant 88,176

Meta relationship

Meta rel from_node to_node count
MONDO_MAP_EFO Disease Efo 2,822
MONDO_MAP_UMLS Disease SemmedTerm 3,414
OPENTARGETS_DRUG_TO_DISEASE Drug Disease 2,486
CPIC Drug Gene 355
OPENTARGETS_DRUG_TO_TARGET Drug Gene 6,024
EFO_CHILD_OF Efo Efo 43,154
PRECEDING_EVENT Event Event 10,418
XQTL_SINGLE_SNP_MR_GENE_GWAS Gene Gwas 8,703,863
XQTL_MULTI_SNP_MR Gene Gwas 3,098,049
GENE_TO_LITERATURE Gene Literature 771
INTACT_INTERACTS_WITH_GENE_PROTEIN Gene Protein 1,451
GENE_TO_PROTEIN Gene Protein 20,762
EXPRESSED_IN Gene Tissue 861,552
GWAS_NLP_EFO Gwas Efo 6,936
MR Gwas Gwas 583,619
BN_GEN_COR Gwas Gwas 904,832
OBS_COR Gwas Gwas 17,932
GWAS_NLP Gwas Gwas 30,838,964
PRS Gwas Gwas 132,703
GWAS_TO_LIT Gwas Literature 19,079,468
METAMAP_LITE Gwas SemmedTerm 2,081
GWAS_SEM Gwas SemmedTriple 9,075,020
GWAS_TO_VARIANT Gwas Variant 26,521
TOPHITS Gwas Variant 122,730
PATHWAY_TO_DISEASE Pathway Disease 541
EVENT_IN_PATHWAY Pathway Event 12,488
PATHWAY_TO_LITERATURE Pathway Literature 8,952
PROTEIN_TO_DISEASE Protein Disease 626
PROTEIN_IN_EVENT Protein Event 13,484
PROTEIN_TO_LITERATURE Protein Literature 107,315
PROTEIN_IN_PATHWAY Protein Pathway 9,955
INTACT_INTERACTS_WITH_PROTEIN_PROTEIN Protein Protein 187,426
STRING_INTERACT_WITH Protein Protein 390,222
INTACT_NOT_INTERACTS_WITH Protein Protein 699
SEM_GENE SemmedTerm Gene 41,706
SEM_PREDICATE SemmedTerm SemmedTerm 3,428,531
SEM_TO_LIT SemmedTriple Literature 6,127,985
SEM_SUB SemmedTriple SemmedTerm 3,428,531
SEM_OBJ SemmedTriple SemmedTerm 3,428,531
XQTL_SINGLE_SNP_MR_SNP_GENE Variant Gene 41,564
VARIANT_TO_GENE Variant Gene 59,157

Metadata

Expand to show

{python} {'connections': [{'count': 2486, 'from_node': 'Drug', 'rel': 'OPENTARGETS_DRUG_TO_DISEASE', 'to_node': 'Disease'}, {'count': 3414, 'from_node': 'Disease', 'rel': 'MONDO_MAP_UMLS', 'to_node': 'SemmedTerm'}, {'count': 626, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'PROTEIN_TO_DISEASE', 'to_node': 'Disease'}, {'count': 2822, 'from_node': 'Disease', 'rel': 'MONDO_MAP_EFO', 'to_node': 'Efo'}, {'count': 541, 'from_node': 'Pathway', 'rel': 'PATHWAY_TO_DISEASE', 'to_node': 'Disease'}, {'count': 41706, 'from_node': 'SemmedTerm', 'rel': 'SEM_GENE', 'to_node': 'Gene'}, {'count': 3428531, 'from_node': 'SemmedTriple', 'rel': 'SEM_SUB', 'to_node': 'SemmedTerm'}, {'count': 2081, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'METAMAP_LITE', 'to_node': 'SemmedTerm'}, {'count': 3428531, 'from_node': 'SemmedTerm', 'rel': 'SEM_PREDICATE', 'to_node': 'SemmedTerm'}, {'count': 3428531, 'from_node': 'SemmedTriple', 'rel': 'SEM_OBJ', 'to_node': 'SemmedTerm'}, {'count': 12488, 'from_node': 'Pathway', 'rel': 'EVENT_IN_PATHWAY', 'to_node': 'Event'}, {'count': 9955, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'PROTEIN_IN_PATHWAY', 'to_node': 'Pathway'}, {'count': 8952, 'from_node': 'Pathway', 'rel': 'PATHWAY_TO_LITERATURE', 'to_node': 'Literature'}, {'count': 1451, 'from_node': 'Gene', 'rel': 'INTACT_INTERACTS_WITH_GENE_PROTEIN', 'to_node': 'Protein'}, {'count': 771, 'from_node': 'Gene', 'rel': 'GENE_TO_LITERATURE', 'to_node': 'Literature'}, {'count': 8703863, 'from_node': 'Gene', 'rel': 'XQTL_SINGLE_SNP_MR_GENE_GWAS', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 861552, 'from_node': 'Gene', 'rel': 'EXPRESSED_IN', 'to_node': 'Tissue'}, {'count': 355, 'from_node': 'Drug', 'rel': 'CPIC', 'to_node': 'Gene'}, {'count': 6024, 'from_node': 'Drug', 'rel': 'OPENTARGETS_DRUG_TO_TARGET', 'to_node': 'Gene'}, {'count': 3098049, 'from_node': 'Gene', 'rel': 'XQTL_MULTI_SNP_MR', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 41564, 'from_node': 'Variant', 'rel': 'XQTL_SINGLE_SNP_MR_SNP_GENE', 'to_node': 'Gene'}, {'count': 20762, 'from_node': 'Gene', 'rel': 'GENE_TO_PROTEIN', 'to_node': 'Protein'}, {'count': 59157, 'from_node': 'Variant', 'rel': 'VARIANT_TO_GENE', 'to_node': 'Gene'}, {'count': 19079468, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'GWAS_TO_LIT', 'to_node': 'Literature'}, {'count': 107315, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'PROTEIN_TO_LITERATURE', 'to_node': 'Literature'}, {'count': 6127985, 'from_node': 'SemmedTriple', 'rel': 'SEM_TO_LIT', 'to_node': 'Literature'}, {'count': 187426, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'INTACT_INTERACTS_WITH_PROTEIN_PROTEIN', 'to_node': 'Protein'}, {'count': 13484, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'PROTEIN_IN_EVENT', 'to_node': 'Event'}, {'count': 390222, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'STRING_INTERACT_WITH', 'to_node': 'Protein'}, {'count': 699, 'from_node': 'Protein', 'rel': 'INTACT_NOT_INTERACTS_WITH', 'to_node': 'Protein'}, {'count': 26521, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'GWAS_TO_VARIANT', 'to_node': 'Variant'}, {'count': 122730, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'TOPHITS', 'to_node': 'Variant'}, {'count': 9075020, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'GWAS_SEM', 'to_node': 'SemmedTriple'}, {'count': 6936, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'GWAS_NLP_EFO', 'to_node': 'Efo'}, {'count': 43154, 'from_node': 'Efo', 'rel': 'EFO_CHILD_OF', 'to_node': 'Efo'}, {'count': 583619, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'MR', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 904832, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'BN_GEN_COR', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 17932, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'OBS_COR', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 30838964, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'GWAS_NLP', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 132703, 'from_node': 'Gwas', 'rel': 'PRS', 'to_node': 'Gwas'}, {'count': 10418, 'from_node': 'Event', 'rel': 'PRECEDING_EVENT', 'to_node': 'Event'}], 'edges': {'BN_GEN_COR': {'count': 904832, 'properties': {'gcov_int': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'gcov_int_se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'h2_int': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'h2_int_se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'h2_obs': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'h2_obs_se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'p': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'rg': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'z': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'CPIC': {'count': 355, 'properties': {'cpic_level': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'guideline': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'pgx_on_fda_label': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'pharmgkb_level_of_evidence': {'array': False, 'type': 'STRING'}}}, 'EFO_CHILD_OF': {'count': 43154, 'properties': None}, 'EVENT_IN_PATHWAY': {'count': 12488, 'properties': None}, 'EXPRESSED_IN': {'count': 861552, 'properties': {'tpm': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'GENE_TO_LITERATURE': {'count': 771, 'properties': None}, 'GENE_TO_PROTEIN': {'count': 20762, 'properties': None}, 'GWAS_NLP': {'count': 30838964, 'properties': {'score': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'GWAS_NLP_EFO': {'count': 6936, 'properties': {'score': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'GWAS_SEM': {'count': 9075020, 'properties': {'globalCount': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'globalTotal': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'localCount': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'localTotal': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'odds': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'pval': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'GWAS_TO_LIT': {'count': 19079468, 'properties': None}, 'GWAS_TO_VARIANT': {'count': 26521, 'properties': {'beta': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'eaf': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'ncase': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'ncontrol': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'pval': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'samplesize': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'INTACT_INTERACTS_WITH_GENE_GENE': {'count': 2, 'properties': None}, 'INTACT_INTERACTS_WITH_GENE_PROTEIN': {'count': 1451, 'properties': {'intact_confidence_score': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'intact_detection_method': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_identifier': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_source': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_type': {'array': True, 'type': 'LIST'}}}, 'INTACT_INTERACTS_WITH_PROTEIN_PROTEIN': {'count': 187426, 'properties': {'intact_confidence_score': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'intact_detection_method': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_identifier': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_source': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_type': {'array': True, 'type': 'LIST'}}}, 'INTACT_NOT_INTERACTS_WITH': {'count': 699, 'properties': {'intact_confidence_score': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'intact_detection_method': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_identifier': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_source': {'array': True, 'type': 'LIST'}, 'intact_type': {'array': True, 'type': 'LIST'}}}, 'METAMAP_LITE': {'count': 2081, 'properties': {'mmi_score': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'MONDO_MAP_EFO': {'count': 2822, 'properties': None}, 'MONDO_MAP_UMLS': {'count': 3414, 'properties': None}, 'MR': {'count': 583619, 'properties': {'b': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'ci_low': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'ci_upp': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'log10pval': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'method': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'moescore': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'nsnp': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'pval': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'selection': {'array': False, 'type': 'STRING'}}}, 'OBS_COR': {'count': 17932, 'properties': {'cor': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'OPENTARGETS_DRUG_TO_DISEASE': {'count': 2486, 'properties': None}, 'OPENTARGETS_DRUG_TO_TARGET': {'count': 6024, 'properties': {'action_type': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'phase': {'array': False, 'type': 'STRING'}}}, 'PATHWAY_TO_DISEASE': {'count': 541, 'properties': None}, 'PATHWAY_TO_LITERATURE': {'count': 8952, 'properties': None}, 'PRECEDING_EVENT': {'count': 10418, 'properties': None}, 'PROTEIN_IN_EVENT': {'count': 13484, 'properties': None}, 'PROTEIN_IN_PATHWAY': {'count': 9955, 'properties': None}, 'PROTEIN_TO_DISEASE': {'count': 626, 'properties': None}, 'PROTEIN_TO_LITERATURE': {'count': 107315, 'properties': None}, 'PRS': {'count': 132703, 'properties': {'beta': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'model': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'n': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'nsnps': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'p': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'r2': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'SEM_GENE': {'count': 41706, 'properties': None}, 'SEM_OBJ': {'count': 3428531, 'properties': None}, 'SEM_PREDICATE': {'count': 3428531, 'properties': {'count': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}, 'predicate': {'array': False, 'type': 'STRING'}}}, 'SEM_SUB': {'count': 3428531, 'properties': None}, 'SEM_TO_LIT': {'count': 6127985, 'properties': None}, 'STRING_INTERACT_WITH': {'count': 390222, 'properties': {'score': {'array': False, 'type': 'INTEGER'}}}, 'TOPHITS': {'count': 122730, 'properties': {'beta': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'pval': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'VARIANT_TO_GENE': {'count': 59157, 'properties': {'allele': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'amino_acids': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'cdna_position': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'cds_position': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'codons': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'consequence': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'existing_variation': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'extra': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'feature': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'feature_type': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'location': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'protein_position': {'array': False, 'type': 'STRING'}}}, 'XQTL_MULTI_SNP_MR': {'count': 3098049, 'properties': {'beta': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'mr_method': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'p': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'qtl_type': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'XQTL_SINGLE_SNP_MR_GENE_GWAS': {'count': 8703863, 'properties': {'beta': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'p': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}, 'qtl_type': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'rsid': {'array': False, 'type': 'STRING'}, 'se': {'array': False, 'type': 'FLOAT'}}}, 'XQTL_SINGLE_SNP_MR_SNP_GENE': {'count': 41564, 'properties': None}}, 'nodes': {'Disease': {'count': 21829, 'properties': {'definition': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'doid': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}, 'efo': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}, 'icd10': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}, 'icd9': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}, 'id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'label': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'mesh': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}, 'umls': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}}}, 'Drug': {'count': 2455, 'properties': {'chembl_uri': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'label': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'molecule_type': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'source': {'indexed': False, 'type': 'LIST', 'unique': False}}}, 'Efo': {'count': 25390, 'properties': {'id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'type': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'value': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}}}, 'Event': {'count': 11868, 'properties': {'in_disease': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'name': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'reactome_id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}}}, 'Gene': {'count': 59171, 'properties': {'adme_gene': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'bio_druggable': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'chr': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'description': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'druggability_tier': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'end': {'indexed': False, 'type': 'INTEGER', 'unique': False}, 'ensembl_id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'name': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'reactome_id': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'small_mol_druggable': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'source': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'start': {'indexed': False, 'type': 'INTEGER', 'unique': False}, 'type': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}}}, 'Gwas': {'count': 31773, 'properties': {'access': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'author': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'category': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'consortium': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'mr': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'ncase': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'ncontrol': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'note': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'nsnp': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'pmid': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'population': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'priority': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'sample_size': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'sd': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'sex': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'subcategory': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'trait': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'unit': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'year': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}}}, 'Literature': {'count': 29137785, 'properties': {'dp': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'edat': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'issn': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'pubmed_id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'year': {'indexed': True, 'type': 'INTEGER', 'unique': False}}}, 'Pathway': {'count': 2180, 'properties': {'in_disease': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'name': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'reactome_id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}}}, 'Protein': {'count': 21543, 'properties': {'uniprot_id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}}}, 'SemmedTerm': {'count': 103967, 'properties': {'count': {'indexed': False, 'type': 'INTEGER', 'unique': False}, 'id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'name': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'type': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}}}, 'SemmedTriple': {'count': 3428531, 'properties': {'count': {'indexed': False, 'type': 'INTEGER', 'unique': False}, 'id': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}, 'object_id': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'object_name': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'object_type': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'predicate': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'subject_id': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'subject_name': {'indexed': False, 'type': 'STRING', 'unique': False}, 'subject_type': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': False}}}, 'Tissue': {'count': 53, 'properties': {'tissue': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}}}, 'Variant': {'count': 88176, 'properties': {'name': {'indexed': True, 'type': 'STRING', 'unique': True}}}}}