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EpiGraphDB meta nodes

Disease

Description:

Disease data from Mondo Disease Ontology.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Disease data from Mondo Disease Ontology.\n    ',
 'properties': {'definition': {'title': 'Definition', 'type': 'string'},
                'doid': {'items': {'type': 'string'},
                         'title': 'Doid',
                         'type': 'array'},
                'efo': {'items': {'type': 'string'},
                        'title': 'Efo',
                        'type': 'array'},
                'icd10': {'items': {'type': 'string'},
                          'title': 'Icd10',
                          'type': 'array'},
                'icd9': {'items': {'type': 'string'},
                         'title': 'Icd9',
                         'type': 'array'},
                'id': {'title': 'Id', 'type': 'string'},
                'label': {'title': 'Label', 'type': 'string'},
                'mesh': {'items': {'type': 'string'},
                         'title': 'Mesh',
                         'type': 'array'},
                'umls': {'items': {'type': 'string'},
                         'title': 'Umls',
                         'type': 'array'}},
 'required': ['id', 'label', 'definition'],
 'title': 'Disease',
 'type': 'object'}

Drug

Description:

Drug data from Open Targets.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Drug data from Open Targets.\n    ',
 'properties': {'chembl_uri': {'title': 'Chembl Uri', 'type': 'string'},
                'label': {'title': 'Label', 'type': 'string'},
                'molecule_type': {'title': 'Molecule Type', 'type': 'string'},
                'source': {'anyOf': [{'type': 'string'},
                                     {'items': {'type': 'string'},
                                      'type': 'array'}],
                           'title': 'Source'}},
 'required': ['label', 'source'],
 'title': 'Drug',
 'type': 'object'}

Efo

Description:

Experimental Factor Ontology.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Experimental Factor Ontology.\n    ',
 'properties': {'id': {'title': 'Id', 'type': 'string'},
                'type': {'title': 'Type', 'type': 'string'},
                'value': {'title': 'Value', 'type': 'string'}},
 'required': ['id', 'value', 'type'],
 'title': 'Efo',
 'type': 'object'}

Event

Schema:

1
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{'additionalProperties': False,
 'properties': {'in_disease': {'title': 'In Disease', 'type': 'string'},
                'name': {'title': 'Name', 'type': 'string'},
                'reactome_id': {'title': 'Reactome Id', 'type': 'string'}},
 'required': ['name', 'in_disease', 'reactome_id'],
 'title': 'Event',
 'type': 'object'}

Gene

Description:

Gene data from BioMart (build 37).

Gene druggability data comes from Finan et al (2017).

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Gene data from BioMart (build 37).\n'
                '\n'
                'Gene druggability data comes from Finan et al (2017).',
 'properties': {'adme_gene': {'title': 'Adme Gene', 'type': 'string'},
                'bio_druggable': {'title': 'Bio Druggable', 'type': 'string'},
                'chr': {'title': 'Chr', 'type': 'string'},
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                                      'type': 'string'},
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                                        'type': 'string'},
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                'start': {'title': 'Start', 'type': 'integer'},
                'type': {'title': 'Type', 'type': 'string'}},
 'required': ['ensembl_id'],
 'title': 'Gene',
 'type': 'object'}

Tissue

Description:

Tissue specific gene expression from GTEx.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Tissue specific gene expression from GTEx.\n    ',
 'properties': {'tissue': {'title': 'Tissue', 'type': 'string'}},
 'required': ['tissue'],
 'title': 'Tissue',
 'type': 'object'}

Gwas

Description:

GWAS metadata from IEU GWAS Database.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'GWAS metadata from IEU GWAS Database.\n    ',
 'properties': {'access': {'title': 'Access', 'type': 'string'},
                'author': {'title': 'Author', 'type': 'string'},
                'category': {'title': 'Category', 'type': 'string'},
                'consortium': {'title': 'Consortium', 'type': 'string'},
                'id': {'title': 'Id', 'type': 'string'},
                'mr': {'title': 'Mr', 'type': 'string'},
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                'note': {'title': 'Note', 'type': 'string'},
                'nsnp': {'title': 'Nsnp', 'type': 'string'},
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                'population': {'title': 'Population', 'type': 'string'},
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                'unit': {'title': 'Unit', 'type': 'string'},
                'year': {'title': 'Year', 'type': 'string'}},
 'required': ['access', 'nsnp', 'trait', 'id'],
 'title': 'Gwas',
 'type': 'object'}

Literature

Description:

PubMed literature data as available from SemMedDB.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'PubMed literature data as available from SemMedDB.\n    ',
 'properties': {'dp': {'title': 'Dp', 'type': 'string'},
                'edat': {'title': 'Edat', 'type': 'string'},
                'issn': {'title': 'Issn', 'type': 'string'},
                'pubmed_id': {'title': 'Pubmed Id', 'type': 'string'},
                'year': {'title': 'Year', 'type': 'integer'}},
 'required': ['pubmed_id', 'issn', 'dp', 'year', 'edat'],
 'title': 'Literature',
 'type': 'object'}

Meta

Description:

Metadata information of EpiGraphDB Graph.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Metadata information of EpiGraphDB Graph.\n    ',
 'properties': {'build_date': {'title': 'Build Date'},
                'graph_version': {'title': 'Graph Version', 'type': 'string'}},
 'required': ['graph_version'],
 'title': 'Meta',
 'type': 'object'}

Pathway

Description:

Biological pathway data from Reactome.

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Biological pathway data from Reactome.\n    ',
 'properties': {'in_disease': {'title': 'In Disease', 'type': 'string'},
                'name': {'title': 'Name', 'type': 'string'},
                'reactome_id': {'title': 'Reactome Id', 'type': 'string'}},
 'required': ['name', 'in_disease', 'reactome_id'],
 'title': 'Pathway',
 'type': 'object'}

Protein

Description:

Protein data from BioMart web service (build 37).

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'Protein data from BioMart web service (build 37).\n    ',
 'properties': {'uniprot_id': {'title': 'Uniprot Id', 'type': 'string'}},
 'required': ['uniprot_id'],
 'title': 'Protein',
 'type': 'object'}

SemmedTerm

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'properties': {'count': {'title': 'Count', 'type': 'integer'},
                'id': {'title': 'Id', 'type': 'string'},
                'name': {'title': 'Name', 'type': 'string'},
                'type': {'title': 'Type', 'type': 'string'}},
 'required': ['name', 'count', 'id', 'type'],
 'title': 'SemmedTerm',
 'type': 'object'}

SemmedTriple

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'properties': {'count': {'title': 'Count', 'type': 'integer'},
                'id': {'title': 'Id', 'type': 'string'},
                'object_id': {'title': 'Object Id', 'type': 'string'},
                'object_name': {'title': 'Object Name', 'type': 'string'},
                'object_type': {'title': 'Object Type', 'type': 'string'},
                'predicate': {'title': 'Predicate', 'type': 'string'},
                'subject_id': {'title': 'Subject Id', 'type': 'string'},
                'subject_name': {'title': 'Subject Name', 'type': 'string'},
                'subject_type': {'title': 'Subject Type', 'type': 'string'}},
 'required': ['id',
              'predicate',
              'subject_name',
              'subject_type',
              'subject_id',
              'object_name',
              'object_type',
              'object_id',
              'count'],
 'title': 'SemmedTriple',
 'type': 'object'}

Variant

Description:

SNPs from the following sources:

- IEU GWAS Database - MR-EvE - xQTL

Schema:

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{'additionalProperties': False,
 'description': 'SNPs from the following sources:\n'
                '\n'
                '- IEU GWAS Database\n'
                '- MR-EvE\n'
                '- xQTL',
 'properties': {'name': {'title': 'Name', 'type': 'string'}},
 'required': ['name'],
 'title': 'Variant',
 'type': 'object'}